Zgodnie ze Statutem najwyższym organem OPZZ jest Kongres zwoływany co cztery lata, na którym delegaci wybierają bezpośrednio przewodniczącego i wiceprzewodniczących oraz przewodniczącego Komisji Rewizyjnej OPZZ. Pomiędzy kongresami naczelnym organem stanowiącym jest Rada OPZZ. Członkowie Rady i prezydium wybierani są w 12 branżach zrzeszających 99 członkowskich, ogólnokrajowych organizacji związkowych oraz w 16 Radach Wojewódzkich. Organem wykonawczym Rady OPZZ jest Prezydium. Oprócz tego istnieje ponad 250 Rad Powiatowych i Międzypowiatowych OPZZ.